Chopin, een bekende componist, ligt op zijn sterfbed en zweeft tussen zijn huidige leven en het volgende. In zijn dromen treft hij meerdere malen een jong meisje tegen die een vreselijke toekomst te wachten staan, daarnaast komt hij ook de jongen tegen die haar probeert te redden. Deze twee ontmoetingen leiden Chopin naar de ontdekking van het licht dat in iedere persoon schijnt. Wat hierdoor ontstaat is een verhaal over de eeuwige strijd tussen goed en kwaad en liefde en verraad.

Eternal Sonata bevat naast animé-achtige "cel-shading" graphics en een diep verhaal een innovatief gevechtssysteem. Dit systeem combineert een open wereld met "turn-based" actie. In de game zul je je gevechtstrategie kunnen aanpassen door het gebruik van Licht en Donker. Hierom moet je ook uitkijken voor vijanden die zich schuilhouden in de schaduwen, hun aanvalskracht en potentie veranderd hier namelijk door, net als hun fysieke uiterlijk.

Het verhaal speelt zich af in een droom wat ook de laatste drie uur van het leven is van de beroemde muziekcomponist Frederic Chopin. De muziek in de game is gecomponeerd door de wereldberoemde, echte, pianist Stanislav Bunin, en de muziek speelt dan ook een belangrijke rol in Eternal Sonata.