Prison Break: The Conspiracy is de videogame van Prison Break en speelt zich af tijdens het eerste tv-seizoen van de gelijknamige serie waarin Michael Scofield opgesloten zit in de Fox River State Penitentiary. In de game speel jij met CIA-agent Tom Paxton en moet je erachter zien te komen waarom Michael Scofield, een man zonder strafblad, opeens een bank heeft beroofd en in Fox River State terecht is gekomen.

Vanuit Paxtons perspectief maak je belangrijke gebeurtenissen van het eerste seizoen mee en zul je al klimmend en sluipend langs vele bekende locaties uit de tv-serie komen.