In Tokobot Plus Mysteries of the Karakuri gaat het om een wereld van robotjes die afstammen van een oude beschaving. Deze oude beschaving was duizenden jaren geleden al bezig met technische hoogstandjes, maar verdween plotseling van de aardbodem. Het enige wat bewijst dat deze beschaving ooit heeft bestaan, zijn de kleine robotjes die zijn achtergebleven. In Tokobot Plus Mysteries of the Karakuri speel je als Bolt een leerling van een oudheidskundige wetenschapper. Tokobot Plus Mysteries of the Karakuri is een uitgebreide versie van het PlayStation Portable spel Tokobot. Dit keer kun je met je mechanische helpertjes de geheimen van de Karakuri ontrafelen. In totaal zijn er 10 nieuwe levels en een hoop nieuwe combinatie aanvallen toegevoegd. Als Bolt zul je een hoop opdrachten alleen moeten uitvoeren, maar ook zul je hier en daar wat moeten puzzelen door je mechanische vriendjes slim te gebruiken.