Je hebt ze gevangen, je hebt ze getraind en je hebt ze bevochten....maar nu kun je ontdekken wat het is om een Pokmon te zijn. In Pokmon Mystery Dungeon Red Rescue Team ontwaak je, als Pokmon, in een wereld die volledig door Pokmon bevolkt is, zonder dat je weet hoe je er bent beland of hoe je je menselijke vorm kunt terugkrijgen. Maar er is misschien een reden voor je komst. Nu je de Pokmon-taal begrijpt, ontdek je dat de bevolking wordt bedreigd door een serie natuurrampen. Al snel maak je vrienden met andere Pokmon en vorm je een Rescue Team om Pokmon in nood te helpen. Je krijgt missies om Pokmon te redden die opgesloten zitten in gevaarlijke, altijd willekeurig gegenereerde kerkers. Je moet wilde Pokmon om beurten bevechten. Naast het ondernemen van ondergrondse missies is er ook een enorme bovenwereld te ontdekken. Je kunt er vrienden maken met honderden Pokmon en nieuwe leden voor je team recruteren.