Al duizend jaar genieten de mensen op aarde van vrede en rust totdat een mysterieuze vijand alles dreigt te vernietigen door het veranderen van de tijd. Alleen het goedaardige dolfijntje Ecco kan voorkomen dat deze boosaardige krachten de realiteit verdraaien en de aarde voorgoed onderwerpen.

Je speelt de rol van Ecco en je moet al je vaardigheden inzetten om je een weg te banen door de verschillende realiteiten en de goede orde van de tijdlijn te herstellen. De game bestaat uit vier delen (Paradise Island, Man's Nightmare, Dolphin's Nightmare en Foe's Lair) waarin je puzzels moet oplossen voordat je de aarde kunt redden!