Inaba, een stil stadje in landelijk Japan. Een normale tiener komt aan in het treinstation, klaar om aan een landelijke twaalf maanden te beginnen. Het simpele leventje dat hij voor ogen heeft wordt echter snel aan diggelen geslaan wanneer hij te horen krijgt dat een lokale TV-omroepster op mysterieuze wijze opgehangen werd aan een telefoonpaal. Wat haar dood uitgelokt heeft is onduidelijk. Er zijn geen aanwijzingen, geen verdachten.

Het is aan jouw om de moorden die in Inaba plaatsvinden te onderzoeken, en op te lossen. Dit doe je door s'nachts af te stemmen op het mysterieuze Midnight Channel, een televisiekanaal dat blijkbaar de slachtoffers laat zien voor ze vermoord worden teruggevonden.

Stap vervolgens samen met je teamgenoten in de televisiewereld vol bizarre vijanden om de slachtoffers te redden. Gelukkig zijn er de geheimzinnige Persona's die je kunnen bijstaan tijdens confrontaties. Zorg ervoor dat je Persona's zo sterk mogelijk worden, en meng - mocht je dat nodig vinden - gewoon twee of meerdere Persona's met elkaar om een compleet nieuw wezen te creeëren.