Blazing Angels II: Secret Missions of WWII is het vervolg op Blazing Angels: Squadron of WWII. In BA: Secret Missions speel je een ervaren piloot tijdens de Tweede Wereldoorlog en moet je in experimentele vliegtuigen op geheime missies vliegen.

Tijdens je missies zul je echter ook te maken krijgen met vijandelijke experimentele Duitse vliegtuigen. Uiteindelijk zul je moeten voorkomen dat het Nazi-Duitsland een geheim wapen maakt.