Het verhaal achter Duke Nukem Forever is de terugkeer van Dr. Proton, een gestoorde Cyborg van het originele spel. Dr. Proton heeft Area 51 overgenomen. Area 51 is een woestijn complex buiten Las Vegas waar de overheid hun gevangen genomen alien artifacts bewaren. De kwade dokter gebruikt deze ruimte nu om aliens van over de gehele wereld te recruteren, in een duister complot om de gehele aarde over te nemen. Alleen een man kan hem stoppen en dat is onze eigen Duke.