Je hand word niet vastgehouden in Etrian Mystery Dungeon. In deze ActionTurn Based RPG betekent dit dat het vechten tegen monsters niet alleen een kwestie is van de juiste skills gebruiken maar ook is strategie en plaatsing van je karakters zeer belangrijk. Spelers kunnen hun party vullen met bekende classes uit de vorige games zoals de Landsknecht en Runemaster. Je kan tot 4 karakters meenemen de kerkers in. Deze kerkers zijn altijd willekeurig in opbouw, zo zal je dus nooit 2x in dezelfde kerker komen.