Het Star Fox-team keert triomfantelijk terug naar een van zijn meest geweldige missies met de remake van Star Fox 64 (ook bekend als Lylat Wars), in volledig 3D.Het Lylat-sterrenstelsel ontvouwt zich op realistische wijze voor je ogen in de diepte van het bovenste scherm van de Nintendo 3DS, terwijl de 3D-beelden je een helderder idee van je positie en de afstanden geeft. Dit maakt het spel toegankelijker en intuïtiever, waardoor je je totaal op de actie kunt richten.Star Fox 64 3D maakt tevens gebruik van de twee schermen van het Nintendo 3DS-systeem door de 3D-gameplay op het bovenste scherm weer te geven en de verschillende personages en hun teksten weer te geven op het onderste scherm.